1978年，基础医学系和中国医学科学院实验医学研究所合并成立了中国协和医科大学基础医学院，又名中国医学科学院基础医学研究所（以下简称所院）。
2006年，中国协和医科大学与清华大学合作办学，所院更名为北京协和医学院基础学院（清华大学医学部基础学院）、中国医学科学院基础医学研究所。北京协和医学院和中国医学科学院是卫生部直属单位中最大的一家，是卫生部唯一的高等医学院校和全国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性医学科学研究机构，承担着医疗、教育、科研三项重任。
院校的战略发展目标是将医科院建设成为中国医学科学研究的核心基地和新型国家级医学科学院；将北京协和医学院创建成为以医学精英教育为特色的高等医学教育基地。所院是国家首批批准的博士和硕士学位授予单位，专业覆盖理学、医学、工学和哲学4个学科门类。其中，生物学为国家一级重点学科；病理学与病理生理学、免疫学、药理学、生物化学及分子生物学、细胞生物学、医学遗传学为国家二级重点学科；基础医学为北京市一级重点学科；流行病学与卫生统计学为北京市二级重点学科。同时，设有生物学、基础医学、预防医学、生物医学工程和药学5个博士后科研流动站。
所院承担了北京协和医学院八年制医学本科生基础医学和硕士、博士研究生的教学任务，目前在读研究生450人，其中硕士生239人，博士生211人。所（院）师资：所（院）现有中国科学院院士3人，中国工程院院士3人，长江学者特聘教授4名，国家杰出青年基金获得者10名，正副教授104名。现有在职博士生导师43名，硕士生导师35名。在研项目：国家重大基础性研究计划（973）、高技术计划（863）、攻关计划及国家自然科学基金重大、重点等100多项国家级科研和国际合作项目， 每年科研经费6千万元以上，并呈现持续增长趋势。学科专业与研究方向： 生理学专业研究方向：心血管病发病机制和防治策略的基因研究；肿瘤信号传导：机理与靶向治疗。
遗传学专业研究方向：基因组学、蛋白质组学、生物信息学与系统生物学；单基因遗传病致病基因的识别与功能研究；基于胚胎干细胞和小鼠模型的功能基因组学；遗传病实验室诊断与遗传咨询。 细胞生物学专业研究方向：哺乳类精子与红细胞分化的调控机理；肿瘤细胞生物学，细胞信号传导；干细胞基础与临床应用研究。
生物化学与分子生物学专业研究方向：基因工程药物的研究及蛋白质相互作用；基因分子生物学；代谢性疾病相关基因的研究；免疫调节与基因表达调控；蛋白质相互作用与基因工程药物；RNA病毒致病机理与药物研发；基因表达调控与基因治疗，心血管疾病；多基因疾病相关基因结构与功能的研究；神经发育与疾病的分子机理；重性精神疾病的遗传学、分子神经生物学研究；小RNA文库与功能基因组；细胞凋亡与信号转导及基因表达与调控；基因功能与表达调控；真核基因表达及表观遗传调控；免疫系统与肿瘤细胞基因表达调控；肿瘤相关基因的表达、调控和信号传导；精神疾病发病机制的研究；基因组医学与发育及代谢性疾病和心肌肥大；分子细胞发育生物学与疾病；疾病分子标记物的发现验证与临床诊断；组蛋白的去甲基化酶生物学功能研究；与疾病相关的基因/蛋白质的结构与功能。 生物物理学专业研究方向：肿瘤相关蛋白及生物大分子复合体结构研究。
病理学与病理生理学专业研究方向：恶性肿瘤侵袭和转移的分子机理；心血管疾病分子机制研究；肿瘤侵袭转移/复发机理及防治；DNA损伤、遗传不稳定性和肿瘤发生；动脉粥样硬化发病及防治机理研究；特殊环境生理学医学研究，人体基础数据研究；正常 、特殊环境医学生理学；心血管病理生理学；蛋白质组学、生物化学、生理学、生物信息学、蛋白质相互作用；肿瘤分子生物学。
免疫学专业研究方向：神经免疫调节网络；肿瘤免疫机制与治疗；γδT与肿瘤免疫及自身免疫；免疫受体的功能和在疾病中的作用。
病原生物学专业研究方向：分子寄生虫学基础和应用性研究；分子病毒学及新基因功能；生物技术及肿瘤病毒疾病的免疫预防及治疗 人体解剖与组织胚胎学专业研究方向：细胞外基质分子生物学 药理学专业研究方向：分子药理学；创新药物基础和临床的研究；衰老与老年神经退行性疾病机制及药物干预 流行病学与卫生统计学专业研究方向：流行病学方法的应用；健康和生产力管理；医学统计方法在科研中的运用；艾滋病性病预防；流行病学方法的应用；艾滋病社会行为学及干预策略研究。 生物医学工程专业研究方向：纳米结构材料在组织工程中的应用基础研究；生物医学信息处理与分析；生物医学检测与控制。 科技与哲学专业研究方向：临床生命伦理学；生物医学研究伦理；公共卫生政策伦理；生命伦理学与公共卫生政策伦理学研究。
发表论文及获国家级奖励： "十五"期间共发表科研论文820篇，其中在国际著名的Nature、Nat Med、Nat Genet、PNAS、Blood和MCP等杂志上发表了多篇学术论文。有三名研究生荣获全国百篇优秀博士论文奖。获得国家自然科学二等奖1项、中华医学科技一等奖3项、北京市科技进步一、二等奖各1项。 学术环境：所院下设一个国家级实验教学示范中心和一个医学分子生物学国家重点实验室，另有仪器中心、基础医学细胞中心和达到SPF级的实验动物中心。
学校图书馆是国家级的医学信息研究中心和生物医学信息资源中心，是国务院批准的国家级中心图书馆和国家科技图书文献中心医学分中心，也是联合国世界卫生组织卫生与生物医学信息合作中心，目前藏书51.2万册，电子图书1.5万册，期刊5000余种。所院与国内外多所大学和研究机构建立了广泛的合作关系，国内外学术交流频繁。
所院同时与紧邻的北京协和医院合作，开展了多项基础与临床结合项目、转化医学项目的研究。定期的学术讲座、学术年会、技术交流活动、开放式实验室组会等更是营造了活跃的学术氛围。在这里留下了15名院士的足迹，所院更多的毕业研究生在海内外成长为首席科学家、学科带头人和领军人物。2008年研究生就业率为90％，其中一半以上的毕业生到海外继续留学深造。学习生活环境：所院处于北京市的中心位置，生活方便，交通便利，工作学习之余步行数分钟即可到达天安门广场和故宫博物院。
目前在校研究生全免学费，学生生活补贴硕士生1200-1500元/月；博士生1500-1800元/月。研究生具有"北京协和医学院（清华大学医学部）"和"清华大学"两校学籍，毕业证书和学位证书加盖"清华大学"和"北京协和医学院"两个公章。
通信地址：北京市东城区东单三条5号，
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